Van het kerkgebouw resteren tegenwoordig het koor, het dwarsschip en de toren. Het schip, waarvan de bouw nooit was voltooid, stortte in 1674 in als gevolg van natuurgeweld. De Domtoren en het resterende deel van de Domkerk kwamen daardoor los van elkaar te staan. Bij het Domcomplex horen verder nog een kruisgang en de grote kapittelzaal (thans aula van de Universiteit Utrecht) waar in 1579 de Unie van Utrecht werd ondertekend. De kleine kapittelzaal van het Domcomplex, die tegen de westkant van de kruisgang was gebouwd, werd in de negentiende eeuw afgebroken.

De Utrechtse Dom is ondanks het ontbrekende schip en de ernstige vernielingen die de overgang naar het protestantisme rond 1578-1580 met zich meebracht, een van de belangrijkste gotische monumenten in Nederland. Zij was tevens een van de vroegste voorbeelden van de gotiek in Nederland en als enige gebouw hier te lande staat zij qua stijl dicht bij de klassieke Franse gotiek. Aan de huidige Dom ging een kathedraal in romaanse stijl vooraf.

In de middeleeuwen was een kapittel van kanunniken aan de Dom verbonden dat een eigen immuniteit bezat, een grondstuk waarop de wereldlijke macht niets in te brengen had. Behalve de kathedraal zelf stonden hier de woningen van de kanunniken en van 1040 tot 1253 ook het paleis Lofen van de keizer van het Heilige Roomse Rijk. De immuniteit van de Dom grensde aan de zuidzijde aan de immuniteit van de Sint-Salvatorkerk of Oud-Munsterkerk en het grondgebied van de bisschop, waarop diens paleis gebouwd was. Tussen beide kerken, op het grondgebied van de Sint-Salvator, stond een derde kerkje ingeklemd, de Heilig-Kruiskapel.